Pod utjecajem različitih unutarnjih i vanjskih faktora, vremenom se u organizmu počnu događati očekivane promjene na staničnoj i organskoj razini. Te promjene se događaju prirodno starenjem organizma, ali i zbog izloženosti stresu, loše prehrane i premalo kretanja, pretilosti, ovisnosti o cigaretama ili alkoholu, te drugim okolišnim faktorima. Pojava takvih promjena potiče imunološki sustav da podigne alarm – i pokrene upalni proces. No, ovdje nije riječ o akutnom upalnom procesu kojeg smo opisali ranije, kada se u kratkom periodu sanira uočeno mjesto povrede.Razvija se kronični upalni proces, što se još naziva kronična upala niskog stupnja. Jednako kao i kod akutne upale, i kod kronične upale pokrene se cijeli proces opisan ranije, ali kako se ne nalazi jasan uzročnik upale- imunološki odgovor se usmjeri protiv vlastitog tkiva. Nerijetko se dogodi da se ne radi samo o jednom ciljnom mjestu, već o više njih istovremeno. Tako se pojedincu na primjer može javiti Hashimoto, sindrom iritabilnog kolona, a u proljeće alergija na pelud, Ukratko, razvijaju se različite autoimune bolesti.
Aktiviranjem kroničnog upalnog procesa pokreće se teško raskidiv krug. Upalni proces doprinosi razvoju staničnih promjena, nepravilnostima u radu imunološkog sustava, što rezultira autoimunom bolešću nerijetko kronične naravi. Takvo zdravstveno stanje pak otežava svakodnevno funkcioniranje i u konačnici dovodi do dodatnih oštećenja u organizmu.
