Punkcija štitnjače podrazumijeva citološku pretragu (biopsiju) kojom se utvrđuje priroda sumnjivog tkiva.

Precizna pretraga tijekom koje liječnik pod kontrolom ultrazvuka uvodi do željenog mjesta na štitnjači tanku iglu. Njome pažljivo uzima djelić sumnjivog tkiva, koje se prosljeđuje na citološku obradu.

Citološka analiza razlikuje dobroćudne od zloćudnih čvorova te otkriva kroničnu upalu štitnjače. Olakšava utvrđivanje radi li se o normalnim, upalnim, ili pak tumorski promijenjenim stanicama.