U autoimunoj bolesti, Hashimotovom tireoiditisu, povišena je razina protutijela na tireoidnu peroksidazu (TPO) i tireoglobulin (TG), što dovodi do niske razine hormona štitnjače. Najčešći simptomi mogu uključivati anksioznost, negativno raspoloženje, depresiju, suhu kožu, netoleranciju na hladnoću, natečene oči, grčeve u mišićima, umor, dubok glas, zatvor, sporo razmišljanje i loše pamćenje. Liječi se hormonskom nadomjesnom terapijom. Uz to mogu biti niže vrijednosti: selena, kalija, joda, bakra, magnezija, cinka, željeza i vitamina A, B, C i D koji se nadomještaju raznim preparatima i dijetoterapijom.

  • Jodna terapija može povoljno djelovati na štitnjaču. Međutim, kronična izloženost prekomjernom unosu joda može izazvati autoimuni tiroiditis, dijelom i zbog toga što je visoko jodirani TG imunogeniji.
  • Selenoproteini su važni u stvaranju  i metabolizmu hormona štitnjače. Imaju protuupalno djelovanje, mogu smanjiti titar protutijela na TPO, pozitivno djelovati na hipotiroidizam i rezultirati smanjenjem potrebne doze levotiroksina.
  • U anemičnih bolesnika s poremećenom funkcijom štitnjače liječenje preparatima željeza dovodi do povećanja koncentracije tiroidnih hormona.
  • Kod niskog statusa vitamina D, uočena je viša koncentracija TPO i TG antitijela.

Dijetoterapija Hashimotovog tireoiditisa se oslanja na odgovarajuću razinu unosa proteina, dijetalnih vlakana i nezasićenih masnih kiselina, posebice iz skupine omega 3 (N-3), koje su važne u ljudskoj fiziologiji (α-linolenska kiselina, eikosapentaenska kiselina, dokozaheksenska kiselina).

Bolesnici s Hashimotovim tireoiditisom često bi trebali eliminirati laktozu zbog netolerancije i interakcija s levotiroksinom i gluten (žitarice) zbog mogućih interakcija glijadina (dio glutena koji omogućava rast tijesta pri pečenju) s antigenima štitnjače.